১৯৭১ সালের পূর্বে ঔষধ প্রশাসন ছিল পাকিস্তান কেন্দ্রীয় সরকার পরিচালিত একটি দপ্তর। ১৯৭১ সালের পর এটি স্বাস্থ্য ও জনসংখ্যা নিয়ন্ত্রণ মন্ত্রণালয়ের একটি সংযুক্ত বিভাগ হিসাবে পরিচালিত হতো। ১৯৭৬ সালে স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যাণ মন্ত্রণালয়ের অধীন ঔষধ প্রশাসন একটি আলাদা পরিদপ্তরে পরিণত হয়। সর্বশেষ ২০১০ সালে ঔষধ প্রশাসন পরিদপ্তরকে উন্নীত করা হয়। ঔষধ প্রশাসন অধিদপ্তর গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যাণ মন্ত্রণালয়ের অধীন দেশের ঔষধের একমাত্র লাইসেন্সিং ও নিয়ন্ত্রণ কর্তৃপক্ষ। ঔষধ প্রশাসন অধিদপ্তর প্রচলিত ঔষধ আইন প্রয়োগ করে ঔষধ নিয়ন্ত্রণ সংক্রান্ত সকল কর্মকান্ড পরিচালনা করে থাকে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস